2006年1月1日開幕的瑞士賽，中國男單只派了夏煊澤和兩個小將參加，最終夏煊澤決賽不敵李宗偉，雖然屈居亞軍，但狀態有所復蘇。2006年1月11日，德國公開賽拉開戰幕，雖然德國賽只有三星級，但是全英賽之前最重要的熱身賽，因此吸引了大批高手參加。

林丹首輪2:1戰勝日本選手佐佐木翔，次輪以15比7、15比11淘汰荷蘭選手迪基，1/4決賽以兩個15:8完勝此前狀態有所復蘇的老將夏煊澤。半決賽再遇老對手陳宏，雙方苦戰三局后，陳宏終以總比分2比1險勝林丹，從而昂首挺進決賽。三局的比分分別為15比13，10比15和15比8。決賽中小將陳金完勝陳宏，奪得個人第一座國際賽冠軍。

隨后上演就是重頭戲全英賽，印尼天王陶菲克因為腳傷未愈沒有參賽。由于國際羽聯決定2006年2月1日正式啟用21分制，因此這屆全英賽成了最后15分制的絕響。中國隊首輪既造重創，鮑春來因傷出局。而林丹則顯露了慢熱的風格，首輪打滿三局，用了81分鐘才取勝，次輪對陣丹麥選手奧杜姆，第一局局居然以5∶15敗北，調整狀態后才連勝兩局拿下比賽，這一仗也花了82分鐘。盡管拿下了比賽，林丹的狀態還是受到廣泛的質疑。但林丹很快用一場完勝回擊了質疑之聲，1/4決賽以15-6、15-5輕取大馬名將黃綜翰。由于陳宏和陳金在另兩場1/4決賽落敗，林丹孤身一人闖入4強，中國隊男單奪金的希望完全寄托在林丹身上。

半決賽林丹與世界排名第二的李宗偉狹路相逢，這是林丹和李宗偉首次在大賽相遇（2004年湯杯相遇是在預選賽，故不計入）。首局比賽李宗偉大比分落后后，失誤過多，幾次喪失了縮小比分差距的機會，林丹以15-9率先拿下首局。第二局李崇偉加快了進攻速度搶先上手先得兩分，林丹加強攻擊李宗偉反手區域迫使宗偉出現了幾次回球下網，連得5分反超比分。李崇偉的信心似乎也受到了一定的打擊，面對林丹取勝欲望不是很強烈，林丹一度將比分拉開至8-2，落后很多的李宗偉放手一搏，用網前球頻頻調動林丹，使得林丹出現了不少的無謂失誤，連得7分后以9-8反超，關鍵時刻林丹繼續失誤頻頻，最后李宗偉以15-10將總比分扳平。決勝局開局李宗偉氣勢如虹，取得8-1的大比分領先，雖然林丹頑強反擊，但宗偉還是把優勢保持到13:6。瀕臨絕境的林丹殊死一搏，竟然連追7分將比分追成了13平。此后，李宗偉士氣受挫，林丹最終以17:14完成大逆轉，挺進決賽。

決賽對手是李炫一，李炫一就好像一個殺手，他誰都可能贏下來，但卻很難達到頂峰。整場比賽林丹打得比較順，始終保持著優勢局面，最終以兩個15:7輕取對手，第二度加冕全英冠軍，這也是林丹第4個大賽冠軍。賽后，林丹“雙喜臨門”，去年拿的“世界杯”冠軍正式被國家體育總局確認為“世界冠軍”。2006年的羽毛球大師賽，陶菲克沒有參加，這是21分制首個正式國際賽事。首輪林丹二比零輕松戰勝荷蘭的帕利亞馬，次輪戰勝了馬來西亞選手楊佳儐。8強遭遇了蓋德，這是大師賽開賽至今分量最重的男單賽事。賽前媒體一邊倒的看好林丹，但林丹意外1：2不敵蓋德，無緣四強。蓋德闖入決賽，卻倒在陳金拍下，20歲的陳金也由此奪得第一座頂級公開賽冠軍。

4月底的湯姆斯杯，是2006年上半年最重要的賽事。頭號種子中國隊簽運不錯，小組賽對手是印度、德國，基本不構成威脅。但林丹首場面對沒有名氣的印度選手阿南德，竟然21:23丟了一局，好在最終以2:1獲勝，中國隊也5:0橫掃印度。第二場，依然沒有懸念，中國隊5:0橫掃德國晉級8強。在其他小組的比賽中，陶菲克21:16、10：21、8：21不敵韓國李炫一，顯示狀態不佳，但印尼最終還是3:2力克韓國，小組頭名晉級8強。1/4決賽中國隊的對手是英格蘭，林丹面對英格蘭選手史密夫，第1局在領先的情況下，卻以18：21落敗，但后面他連追兩局，有驚無險地拿下了比賽，中國隊3:0完勝晉級。而印尼隊1/4決賽對手是日本，這本是一場無懸念的比賽，但陶菲克再次大爆冷門意外負于佐藤翔志，印尼最終3:1取勝，和中國隊會師半決賽。

中國隊和印尼隊繼2005年蘇杯之后再次遭遇，于是“林陶大戰”又熱烈的被炒作起來。但從此前的表現來看，陶菲克明顯不在狀態，林丹的勝算很大。陶菲克的狀態不好主要是因為背傷，之后兩個月時間沒有系統訓練，體能和手感都受到影響。半決賽首局，林陶比分咬得較緊，林丹一度11:12落后，但此后林丹再沒讓陶菲克領先過，以21:16拿下比賽。第二局，體力下降的陶菲克再也跟不上林丹的步伐，比賽成了林丹展示
扣殺和點殺技巧的舞臺，最終陶菲克以8：21大敗。隨后蔡赟/付海峰也在一場驚心動魄的決戰斗中險勝印尼組合盧魯克/阿爾文，中國隊2:0領先。第三場鮑春來以21比17拿下首局，第二局一度以9：16和19：20落后，但鮑春來非常頑強最終以24比22戰勝索尼，中國隊3:0晉級決賽。雖然0:3完敗，印尼主教練認為印尼隊整體表現還是不錯的，但是中國隊發揮有些超常。

2006年湯姆斯決賽和2004年如出一轍，中國和丹麥時隔兩年再次在湯杯決賽相遇。林丹自從1個半月前在中國大師賽負于蓋德后，終于找到機會再決雌雄。經過兩局激戰，林丹最終以21比17和21比19艱難獲勝，為中國隊拿下第一分。賽后蓋德說：“我一直在堅持，但是對手的很多擊球都讓我感到不適應，林丹打得很好，他的網前進攻十分凌厲。他的扣殺也十分出色，我如果能加快比賽的節奏也許會有機會，但是沒有。”最終風云組合和鮑春來也戰勝對手，中國隊3:0衛冕，整個2006年湯姆斯杯中國一場未失。

2006年的湯姆斯杯是林丹獲得的第五座大賽冠軍，也是第三座世界冠軍，林丹大賽冠軍的總數已經追平了陶菲克，但在分量上因為沒有奧運會和世錦賽還遜色不少。這也是中國隊繼趙劍華、楊陽之后時隔16年建立的又一個湯杯王朝，不過，新王朝還在初始階段，趙劍華就認為此時的（2006年）中國男隊在湯杯的統治力尚不及他和楊陽的時代，“能霸多久就很難說了，兩年以后是什么樣子誰也不知道。”湯杯連勝陶菲克和蓋德，雖然再次證明了林丹世界積分第一并非虛名，但由于林丹三年來團體賽的成績遠好于個人賽，質疑之聲也時有所聞。全英賽和湯杯先后折桂后，林丹將目光轉向2006年最重要的目標：世錦賽。

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